Da Capo, setiap tahun bunga mekar. Bunga Kacang Misterius bermekaran di seluruh pulau berbentuk bulan sabit. Pulau itu adalah pulau Hatsune …

Tokoh utama yang pergi ke Akademi Kazami, Asakura Junnichi, memiliki kekuatan untuk melihat mimpi orang lain dalam tidurnya. Dia juga diajarkan sihir oleh seorang wanita tua yang memungkinkan juga membuat permen

Suatu hari, Junnichi sepertinya pernah melihat mimpi seseorang lagi saat dia sedang tidur. Di dalam mimpi itu, seorang gadis yang merupakan teman masa kecilnya muncul. Tapi, dia terbangun oleh adiknya Asakura Nemu, membangunkannya supaya bisa melakukan kegiatan seperti biasa. Nemu sebenarnya tidak memiliki hubungan darah dengan Junnichi tapi ikatan mereka lebih dalam daripada saudara laki-laki dan perempuan biasa. Bahkan mereka di gambarkan seperti sepasang kekasih karena keakraban mereka itu.

Itu adalah hari biasa yang damai terbangun pagi-pagi dan pergi ke Akademi Kazami. Bersama teman masa kecil Amakase Miharu, idola akademi Shirakawa Kotori, kedua bersaudara Mizukoshi Moe dan Mako yang lebih suka makan nabe di atap sekolah untuk makan siang. Melalui hari mereka seperti biasa, teman masa kecil mereka, Yoshino Sakura, yang mereka pikir telah pindah ke Amerika tiba-tiba muncul. Ini adalah kejutan bagi Junnichi dan Nemu. Sakura mengatakan kepada mereka, “Saya datang untuk menyelesaikan janji yang kami buat selama masa kecil kita” …

Sequel : Da Capo Second Season